Trong vụ án "Chuyến bay giải cứu" giai đoạn 2, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố Lê Ngọc Tường, cựu Phó giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch (VHTT&DL) và Nguyễn Văn Văn, cựu Phó giám đốc Sở Y tế cùng ở tỉnh Quảng Nam, vì tội “Nhận hối lộ”.
Theo kết luận điều tra, vào ngày 16/4/2021, UBND tỉnh Quảng Nam ban hành công văn cho phép tiếp nhận công dân Việt Nam hồi hương trong bối cảnh đại dịch COVID-19 bùng phát sẽ tự trả phí cách ly y tế tại khách sạn.
Đến ngày 15/5/2021, Ban chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 tỉnh Quảng Nam đã ban hành quyết định quy định về việc tiếp đón, quản lý và điều hành khu cách ly tập trung. Theo đó, Sở Y tế có trách nhiệm xem xét phương án nhập cảnh cho từng chuyến bay, trong khi Sở VHTT&DL đánh giá khả năng tổ chức đón tiếp. Trên cơ sở chỉ đạo của UBND tỉnh, hai sở nêu trên đã tham mưu về việc cho phép các công ty lữ hành đón người nhập cảnh. Ông Nguyễn Văn Văn và Lê Ngọc Tường được giao thực hiện nhiệm vụ liên quan đến việc đón công dân từ nước ngoài về cách ly.
Cuối tháng 5/2021, Nguyễn Thị Thanh Hằng, Phó giám đốc Công ty Blue Sky (giai đoạn 1 bị phạt 9 năm tù), đã đến gặp Văn và Tường để nhờ hỗ trợ trong việc tiếp nhận công dân về cách ly. Từ tháng 5/2021 đến tháng 1/2022, cả hai đã phối hợp để tiếp nhận công dân từ hơn 56 chuyến bay do công ty của Hằng thực hiện.
Nguyễn Thị Thanh Hằng đã 5 lần đưa tổng cộng 450 triệu đồng cho Nguyễn Văn Văn và 4 lần đưa tổng cộng 400 triệu đồng cho Lê Ngọc Tường. Cụ thể, vào ngày 20/5/2021, Hằng đã đưa 100 triệu đồng cho Văn. Hai tuần sau, vào ngày 1/6/2021, Hằng tiếp tục đưa thêm 100 triệu đồng. Ngoài ra, Hằng đã đến nhà riêng hoặc quán ăn để đưa cho Văn mỗi lần 100 triệu đồng.
Đối với Lê Ngọc Tường, từ ngày 21/5-2021 đến 16/6/2021, Hằng đã 4 lần đưa hối lộ tổng cộng 400 triệu đồng để Tường tham mưu và đề xuất cho UBND tỉnh chấp thuận các chuyến bay của Công ty Blue Sky.
Sáng 12/7/2023, khi trả lời xét hỏi HĐXX vụ án "chuyến bay giải cứu" giai đoạn 1, bị cáo Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Tổng giám đốc Công ty Bluesky) khai rằng, đã đưa hối lộ tổng cộng 63 lần với tổng số tiền hơn 38,5 tỷ đồng để xin cấp phép và tổ chức 109 chuyến bay giải cứu. Theo Hằng, bị cáo không thể nhớ hết được chi tiết việc đưa tiền, bởi quá nhiều lần và nhiều người.